Форум по автобезопасности -
автосигнализации

Ну тут нужно смотреть. Я еще раз вам говорю, найдите и обратитесь к установщику сигнализаций! Что там у вас в машине сделано.
И он ответит на ваши вопросы. Почему не заводится и почему два ключа на руках.

Возможно из одного ключа вытащили чип и он внутри машины. Тогда с этого ключа она не будет заводится. Если чип с ключа внутри машины, то тогда остается что неисправен одходчик иммобилайзера. Это сразу должен починить установщик если руки не из жопы. Или предложить заменить его.

Логическую нейтраль можно сделать. Это делается перерезание петли на блоке сигнализации.
Вам нужно найти блок сигнализаиий и сделать это.
http://www.autoelectric.ru/autoalarm...wage-a9/a9.htm
Вот инструкция. Там в конце, есть рисунок блока, и на нем показано что нужно перезать петлю при ручной КПП.
Все элементарно.

Комбинацию кнопок изменить невозможно.

Если для вас это все сложно, то обратитесь к автоэлектрику устанощику синализаций.