Форум по автобезопасности -
автосигнализации

А почему Вы решили, что на вариатор влияет именно Агент? Может мешает именно сигналка (МС-600)? Во время движения все блокировки Агента отключены, поэтому влиять на работу вариатора вроде не должны.
Но про вариатор надо обязательно выяснить причину и "виновника", а то как-то не хочется "убить" машину своими же руками.

А то, что при дист.запуске Вы пришли раньше и открыли дверь (Агент в этом случае действительно заблокирует двигатель) - так это правильно! А вдруг пришли не Вы?!
Из документации Агента: "Для разрешения работы иммобилайзера совместно с системой автоматического запуска, достаточно однократно запрограммировать один пункт в таблице программирования при установке. После этого иммобилайзер будет разрешать запустить двигатель без метки, НО при этом он будет держать капот закрытым, контролировать обороты двигателя, все двери и педаль тормоза. И в случае нарушения одной из зон охраны – отменит разрешение запуска двигателя без метки и заблокирует двигатель."
Вам что "влом" сесть и снова завести?

Выскажу свои соображения по выбору:
1. Согласен с мнением некоторых, что сигн. и иммо должны быть разных производителей для усложнения задачи угонщика и применения всех возможностей разных устройств.
2. Агент мне больше понравился по алгоритмам работы (Охрана, Дист.запуск, Движение, Останов), чем Пандект. Последний говорят часто теряет метку во время движения.
3. Агент связан с блокирующими реле по проводу, Пандект по радио. Первое мне кажется надежнее.
4. Пандект всегда позволяет запускать двигатель без метки и блокирует только в движении, так что можно "короткими перебежками" укатить авто. Иммобилайзер АГЕНТ не даёт запустить двигатель до прохождения успешной идентификации метки.