А если попробовать двухшаговое открытие ЦЗ включить/выключить. Это режим. когда открывается сначала водительская дверь, потом остальные.

Не совсем понял как это должно помочь? Первый этап и так снимет пандору с охраны.
Уточню. Когда открываю багажник, только пандора снимается с охраны, а замки остаются закрытыми.

А если слэйв багажника по CAN запретить, назначить аналоговый вход "слэйв багажника" и его подключить на привод багажника ?

Это будет работать, только вряд-ли человек захочет заморачиваться с аналоговым подключением.

Вряд ли это поможет... Скорее всего при открытии багажника, проходит команда для отключения штатки, от сюда и пандора снимается. Ну по крайней мере на тойотах так, есть такая тойота аква, так вот стандартно отдельно там багажник не открывается, а с пандоры происходит следующее, даём команду на открытие-> авто отключает штатку и даёт возможность открыть отдельно багажник, при этом ЦЗ закрыт, но так как штатка снялась с охраны, то и пандора снимается в слэйв... в общем это надо реализовывать полную задержку, не зависимо от авто. Типа при открытии багажника в течении 2-3 сек игнорировать слэйв-открытие.

Спасибо за советы, значит подключу слейв багажника по аналогу. Сигналка стоит близко к бодику, работы на пол часа.

Скорее всего не поможет... можно попробовать подключить вход на активатор багажника, назначить вход как концевик двери и включить пункт в кане 5.4.4